Metody

Kategoria: Metody

Tagi: DNA kwasy nukleinowe PCR

Data: 2010-05-02

PCR-SSCP (single strand conformation polimorphism - polimorfizm konformacji pojedynczych nici DNA)

Technika jest prostym i skutecznym sposobem wykrycia zmian w sekwencji nukleotydów produktów reakcji PCR. Pozwla między innymi na uwidocznienie różnych alleli danego genu. Metoda opiera się na założeniu, że niewielkie zmiany w sekwencji nukleotydów mają wpływ na zmianę struktury przestrzennej cząsteczki DNA co wpływa na różnicę w migracji DNA w żelu. Produkty reakcji PCR po denaturacji układają się we właściwe dla swojej sekwencji struktury przestrzenne. DNA różniące się sekwencją nukleotydową różni się również strukturą przestrzenną przez co wykazuje inną ruchliwość na żelu, widoczną jako różnica w odległości prążków.

Pierwszym etapem SSCP jest amplifikacja DNA klasyczną metodą PCR. Produkty PCR są następnie denaturowane i rozdzielane na żelach poliakrylamidowych w warunkach nieredukujących. Końcowym etapem jest wizualizacja produktów w żelu z użyciem np. bromku etydyny.

Procentowość żelu do elektroforezy waha się w granicach od 8-20% ale większość produktów PCR jest rozdzielana z dobrymi wynikami w 12% żelu. Stosunek bis-akrylamidu do akrylamidu: 1:49. Żel przygotowuje się z 10% glicerolem.

Przejdź do: Metoda SSCP-PCR przepis

Autor: dr Joanna Skubis-Zegadło

Zapraszamy do dyskusji na ten temat na naszym forum http://metlab.pl/forum/topic132-metoda-pcrsscp-single-strand-conformation-polimorphismpolimorfizm-konformacji-pojedynczych-nici.html