1

Temat: RAN-zowanie genomowego DNA

Witam!
Mam do Was pytanko, a w zasadzie kilka;) Otóż muszę oczyścić genomowe DNA buraka z pozostałości RNA. Do tego celu chcę użyć RNA-zy A tylko zastanawiam się jakiej firmy? DNAGdańsk, Fermentas, Sigma? Jakie są Wasze doświadczenia?

Jednej rzeczy nie rozumiem. Zapewne dla wielu banalnej, ale trudno. W procedurze RNA-zowania mam użyć 10ul RNA-zy o stężeniu 10 mg/ml. Czyli mówić najprościej jak się da - zamawiam RNAzę A o steż. 10mg/ml i dodaję 10ul tego enzymu, tak? Trochę się pogubiłam, gdy w charakterystyce produktu odkryłam, że robocze stężenie RNazy wynosi 1-100 µg/ml w zależności od zastosowania. zastanawiam się czy muszę zrobić rozcieńczenie/stock roboczy i dopiero na nim pracować? Czyli biorę 10ul z zakupionego enzymu i dodaję 990ul buforu 50 mM Tris-HCl (pH 7.4) lub TE i dopiero z tego 10ul do prób?

Druga kłopotliwa dla mnie kwestia to aktywność specyficzna tego enzymu. Jedna firma podaje, że ich enzym ma aktywność specyficzną: >2500 u/mg białka (>50 Kunitz u/mg białka), zaś druga,że >5000 u/mg protein (>100 Kunitz units/mg protein) a mają równe stężenia. Który enzym lepszy? Rozumiem,że o wyższej aktywności?

Ostatnia sprawa:
Enzym otrzymuję w formie lizatu. Zaleca się rozpuszczanie liofilizatu w buforze 50 mM Tris-HCl (pH 7.4) lub w buforze TE i przechowywanie w temperaturze +4oC. Po dodaniu 50% glicerolu (v/v) można przechowywać w temperaturze -20oC. Smile Czyli jeżeli rozpuszczę sobie mój otrzymany lizat w 500ul TE to dodaję 500ul 50% glicerolu i mogę przechowywać w -20oC, mając stężenie 10mg/ml?

Dzięki za wszelkie uwagi oświecające Waszą forumową koleżankę, pozdrawiam Smile

2

Odp: RAN-zowanie genomowego DNA

----Co do firmy, zależy od finansów, używałabym chyba Fermentasa, to niezła i tania firma.----

piszesz:
     W procedurze RNA-zowania mam użyć 10ul RNA-zy o stężeniu 10 mg/ml. Czyli mówić najprościej jak się da - zamawiam RNAzę A o steż. 10mg/ml i dodaję 10ul tego enzymu, tak?

----TAK----

piszesz:
    Trochę się pogubiłam, gdy w charakterystyce produktu odkryłam, że robocze stężenie RNazy wynosi 1-100 Âľg/ml w zależności od zastosowania. zastanawiam się czy muszę zrobić rozcieńczenie/stock roboczy i dopiero na nim pracować?

----Jeśli zawsze będziesz używać rozcieńczenia 10 mg/ml, to takie zrób i używaj. Jeśli różnych, zrób większe stężenie, np 100 mg/ml i rozcieńczaj (np 10-krotnie)  tuż przed użyciem. ----

piszesz:
     Czyli biorę 10ul z zakupionego enzymu i dodaję 990ul buforu 50 mM Tris-HCl (pH 7.4) lub TE i dopiero z tego 10ul do prób?

----W ten sposób rozcieńczasz 100 razy. Nie wiem, czy to jest ok, bo nie wiem jakie jest stężenie zakupionego enzymu.----

piszesz:
    Druga kłopotliwa dla mnie kwestia to aktywność specyficzna tego enzymu. Jedna firma podaje, że ich enzym ma aktywność specyficzną: >2500 u/mg białka (>50 Kunitz u/mg białka), zaś druga,że >5000 u/mg protein (>100 Kunitz units/mg protein) a mają równe stężenia. Który enzym lepszy? Rozumiem,że o wyższej aktywności?

----Im większa aktywność, tym lepiej.  Na marginesie, najlepiej by było, gdybyś w przepisie miała,  ile jednostek  (U) enzymu użyć (jak w przypadku enzymów restrykcyjnych czy polimeraz). Jak sama widzisz, ta sama objętość enzymu o tym samym stężeniu białka może mieć zupełnie inną aktywność.----

Piszesz:
     Enzym otrzymuję w formie lizatu.

----To znaczy liofilizatu?----

piszesz:
     Zaleca się rozpuszczanie liofilizatu w buforze 50 mM Tris-HCl (pH 7.4) lub w buforze TE i przechowywanie w temperaturze +4oC. Po dodaniu 50% glicerolu (v/v) można przechowywać w temperaturze -20oC. Smile Czyli jeżeli rozpuszczę sobie mój otrzymany lizat w 500ul TE to dodaję 500ul 50% glicerolu

----Pytanie, czy masz DODAĆ 50% glicerol, czy mieć KOŃCOWE STĘŻENIE glicerolu 50%.
Jeśli to pierwsze, to użyj 500ul TE  i 500ul 50 % glicerolu (=finalne stężenie glicerolu 25%), jeśli to drugie, 500ul TE  i 500ul glicerolu (=finalne stężenie glicerolu 50%).----

piszesz:
    i mogę przechowywać w -20oC, mając stężenie 10mg/ml?

----Tak, możesz przechowywać w -20C.
Nie mogę niestety  podpowiedzieć, jakie będzie końcowe stężenie enzymu - nigdzie nie napisałaś, jaka jest wyjściowa ilość.----

mam nadzieję, że pomogłam
pozdrawiam